Patologicko-anatomické oddělení je základním diagnostickým oborem Nemocnice Jihlava. Pracoviště je členěno na laboratorní část a pitevní trakt. V moderně vybavených laboratořích se provádí bioptická a cytologická vyšetření tkání a orgánů dodaných jednak z klinických oddělení Nemocnice Jihlava, jednak ze soukromých, převážně jihlavských ambulantních zařízení. V pitevnách jsou prováděny patologicko-anatomické pitvy u indikovaných pacientů zemřelých v Nemocnici Jihlava.